En avril 2012, Ngaruye a assuré le commandement de la mutinerie des membres de l’ex-CNDP, connu sous le nom de Mouvement du 23 mars (M23), sous les ordres du général Ntaganda. Ngaruye occupe actuellement le troisième rang le plus élevé dans la hiérarchie militaire du M23. Le Groupe d’experts sur la République démocratique du Congo avait déjà recommandé qu’il soit inscrit sur la liste en 2008 et en 2009. Il est responsable en tant qu’auteur de graves violations des droits de l’homme et du droit international. Il a enrôlé et entraîné des centaines d’enfants pour le compte du M23 en 2008 et en 2009 puis vers la fin de 2010. Il a commis des meurtres, des mutilations et des enlèvements, les victimes étant souvent des femmes. Il est responsable de l’exécution et de la torture de déserteurs du M23. En 2009, en tant que membre des FARDC, il a donné l’ordre de tuer tous les hommes du village de Shalio, dans le territoire de Walikale. Il a également fourni des armes et des munitions et a versé des traitements dans les territoires de Masisi et de Walikale, sous les ordres directs de Ntaganda. En 2010, il a orchestré le déplacement forcé et l’expropriation de populations de la zone de Lukopfu. Il est également très impliqué dans des réseaux criminels au sein des FARDC, qui tirent des bénéfices du commerce de minerais, à l’origine de tensions avec le colonel Innocent Zimurinda et d’actes de violence en 2011.