أسّس كوني جيشَ الرب للمقاومة ويُعتبر مؤسس الجماعة وزعيمها الديني وقائدها العام. وقد قام جيش الرب للمقاومة، الذي برز في شمال أوغندا في الثمانينيات من القرن الماضي، باختطاف آلاف المدنيين وقتلهم وتشويه أجسامهم في جميع أنحاء أفريقيا الوسطى. وتحت وطأة الضغط العسكري المتزايد، أمر كوني جيش الرب للمقاومة بالانسحاب من أوغندا في عامَي 2005 و 2006. ومنذئذ، يواصل الجيش عملياته في جمهورية الكونغو الديمقراطية، وجمهورية أفريقيا الوسطى، وجنوب السودان، وفي السودان حسبما قيل.

ويتولى كوني، بصفته زعيم جيش الرب للمقاومة، وضع وتنفيذ استراتيجية الجيش، بما في ذلك إصدار الأوامر الدائمة بتنفيذ الاعتداءات على السكان المدنيين وترويعهم. ومنذ كانون الأول/ديسمبر 2013، قام جيش الرب للمقاومة، تحت قيادة جوزيف كوني، باختطاف مئات المدنيين وتشريدهم وممارسة العنف الجنسي عليهم وقتلهم في جميع أنحاء أفريقيا الوسطى، وبنهب الممتلكات المدنية وتخريبها. وجيش الرب للمقاومة الذي يتركز وجوده في الجزء الشرقي من جمهورية أفريقيا الوسطى، وحسبما قيل في منطقة كافيا كنغي، وهي إقليم لم يتحدّد بعد مركزه النهائي يقع على الحدود بين السودان وجنوب السودان ويخضع مع ذلك عسكريا للسودان، يقوم بمداهمة القرى فينهب غذاءها وإمداداتها. ويعمد المقاتلون في صفوف الجيش إلى نصب الكمائن لمهاجمة قوات الأمن وسرقة معداتهم عند تصدّيهم لهجماته، ويستهدف المقاتلون في صفوف الجيش أيضا القرى التي ليس لها وجود عسكري ويقومون بنهبها. وكثّف الجيش أيضا هجماته على مواقع تعدين الماس والذهب.

 ولقد أصدرت المحكمة الجنائية الدولية أمر توقيف بحق كوني. ووجّهت إليه المحكمة اثنتي عشرة تهمة بارتكاب جرائم ضد الإنسانية منها القتل العمد، والاسترقاق، والاسترقاق الجنسي، والاغتصاب، والأعمال اللاإنسانية المتمثلة في إلحاق الأذى البدني البالغ والمعاناة الشديدة، وإحدى وعشرين تهمة بارتكاب جرائم حرب تشمل القتل العمد، والمعاملة القاسية للمدنيين، وتعمّد الهجوم على السكان المدنيين، والنهب، والتحريض على الاغتصاب، وتجنيد الأطفال دون سن الخامسة عشرة عن طريق الاختطاف.

وأصدر كوني أوامر دائمة لأتباعه من المتمردين لسلب الماس والذهب من عمال المناجم الحرفيين في شرق جمهورية أفريقيا الوسطى. وقيل إن جماعة كوني تعمد بعد ذلك إلى نقل بعض تلك المعادن إلى السودان أو الاتجار بها مع السكان المدنيين المحليين والأعضاء السابقين في ائتلاف سيليكا.

وأصدر كوني أيضا تعليمات إلى أتباعه المقاتلين لاقتناص الفيلة في متنـزّه غارامبا الوطني بجمهورية الكونغو الديمقراطية، ثم تنقل أنياب الفيلة، حسبما قيل، عبر شرق جمهورية أفريقيا الوسطى إلى السودان حيث يبيعها كبار زعماء جيش الرب للمقاومة ويتاجرون فيها، حسبما قيل، مع التجار والمسؤولين المحليين السودانيين. وتمثل تجارة العاج مصدرا هاما من مصادر الدخل لجماعة كوني. وحتى كانون الثاني/يناير 2015، قيل إن 500 عنصر من عناصر جيش الرب للمقاومة طُردوا من السودان.