ترجع جذور شبكة حقاني إلى النزاع الأفغاني الذي وقع في أواخر السبعينات. وفي منتصف الثمانينات، أقام جلال الدين حقاني (TAi.40)، مؤسس شبكة حقاني، علاقة مع أسامة بن لادن (المتوفي)، وهو زعيم تنظيم القاعدة (المدرج تحت الرمز QDe.004 في قائمة الجزاءات المفروضة على تنظيم القاعدة). وانضم جلال الدين إلى حركة طالبان في عام 1995، لكنه احتفظ بقاعدة سلطته على طول الحدود بين أفغانستان وباكستان. وبعد سقوط نظام طالبان في عام 2001، تولى سراج الدين حقاني (TAi.144)، وهو نجل جلال الدين، السيطرة على الشبكة، وقاد الجماعة منذ ذلك الحين لتصبح في طليعة أنشطة التمرد في أفغانستان.

وتتحمل شبكة حقاني مسؤولية العديد من أبرز الهجمات التي وقعت في أفغانستان. ففي كانون الثاني/يناير 2008، اقتحم عملاء تابعون لشبكة حقاني فندق سيرينا في كابل، وقتلوا ثمانية أشخاص. وفي كانون الثاني/يناير 2010، دبرت شبكة حقاني هجمة منسقة شنت على مبان حكومية رئيسية في كابل، مما أسفر عن مقتل خمسة أشخاص وجرح 70 آخرين. وفي حزيران/يونيه 2011، كانت الشبكة مسؤولة عن الهجوم على فندق إنتركونتيننتال في كابل، الذي أسفر عن مقتل 11 من المدنيين الأفغان واثنين من رجال الشرطة الأفغانية. وكانت شبكة حقاني مسؤولة أيضا عن هجمة أيلول/سبتمبر 2011 ضد سفارة الولايات المتحدة ومقر القوة الدولية للمساعدة الأمنية في كابل. وقد قُتل في الهجوم، الذي دام 19 ساعة، ستة عشر من الأفغان، بما في ذلك ما لا يقل عن ستة أطفال. ودبرت الجماعة أيضا الهجمات المنسقة التي شنت في 15 نيسان/أبريل 2012 في كابل وفي ثلاث مدن أفغانية أخرى، والتي دامت 18 ساعة وأسفرت عن مقتل ما لا يقل عن 11 من أفراد الأمن الأفغان وأربعة مدنيين.

وكانت شبكة حقاني ضالعة أيضا في عدد من عمليات الاختطاف، وتعاونت مع حركة طالبان وغيرها من المنظمات المقاتلة في أفغانستان.